圣运律师开始办理案件后发现，相关部门对房屋面积以及性质的认定存在法律依据不足，法律适用错误的情况。刘女士的房屋是多年前经村委会同意予以修建的，并且房屋占地为集体土地，因此在房屋认定时应以集体土地的相关法律规范予以认定，而不是以国有土地的法律标准进行认定。

我国国有土地的房屋征收主要是通过评估的方式确定被征收房屋的价值，而集体土地征收涉及土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿标准以及住房安置。用不同的法律标准计算，得到的补偿金额也是不一样的。就实际情况来看，刘女士的房屋占地应当按集体土地计算补偿标准。